Lý Tử Thông là người quận Đông Hải (東海, nay gần tương ứng với Liên Vân Cảng, Giang Tô). Ông được miêu tả là bần tiện khi còn niên thiếu, sống nhờ vào đánh cá và săn bắn. Khi sống ở thôn xóm, thấy người nhỏ yếu nào mang vác nặng nhọc, ông đều mang giúp họ. Ông có tính hay làm việc thiện mặc dù gia cảnh nghèo túng, song nếu có oán thì ông tất sẽ báo thù.